医療系SEの年収はどのくらい？給料アップの方法とは
2023/01/23
2025/11/06
医療をエンジニアスキルで支える医療系SE。興味があるものの「年収がどのくらいかわからない」「現職よりも給料が下がると困る」と、転職をためらっている人も多いのではないでしょうか。
SEの年収はさまざまな調査で発表されていますが、医療系SEの給与実態はあまり知られていません。
この記事では、医療系SEの年収や給料アップの方法について解説します。
SEの年収はさまざまな調査で発表されていますが、医療系SEの給与実態はあまり知られていません。
この記事では、医療系SEの年収や給料アップの方法について解説します。
医療系SEは2種類ある！それぞれの概要を解説
医療系SEには「院内SE」と「医療システム開発SE」の2種類があります。同じ医療系SEとはいえ、仕事内容や残業時間など働き方のスタイルが異なります。それぞれ解説します。
医療機関では、電子カルテシステムをはじめ多くの医療システムが使われています。医療系SEは、医療機関の職員として、医療システムのヘルプデスク業務、PC・周辺機器・ネットワークの保守・運用を担当します。一般企業の社内SEと同じく、プログラミングなどの開発業務はほぼ行いません。
医師や看護師をはじめとする医療従事者にシステムの操作方法やトラブル時の対応を教える、システムを使用するための環境を整える、院内の問合せに対応するなど、幅広い役割を担当。いわば「ITの何でも屋」といったポジションで、さまざまな部署の職員と関わります。
SEとしての基礎知識や医療・医療事務への理解、幅広い人とスムーズにやり取りするためのコミュニケーション能力が求められる仕事です。
電子カルテをはじめとする医療業務用システムやパッケージソフトなど、医療現場に欠かせないプロダクトの開発に携わる仕事です。一般的な開発SEと同じく、システム開発会社の社員として、開発・保守・運用を担当します。
他業界の開発SEとは異なり、人の生命や健康に大きな影響を与えるシステムを開発するため、医療・医療現場の仕事・医師法をはじめとする法令への理解が不可欠です。
トラブルが生じると命に関わるため、一般的なシステムよりも高い安全性が求められます。さらに、病歴など非常に秘匿性の高い個人情報を取り扱うため、セキュリティにも細心の注意が必要です。
（1）院内SE
医療機関では、電子カルテシステムをはじめ多くの医療システムが使われています。医療系SEは、医療機関の職員として、医療システムのヘルプデスク業務、PC・周辺機器・ネットワークの保守・運用を担当します。一般企業の社内SEと同じく、プログラミングなどの開発業務はほぼ行いません。
医師や看護師をはじめとする医療従事者にシステムの操作方法やトラブル時の対応を教える、システムを使用するための環境を整える、院内の問合せに対応するなど、幅広い役割を担当。いわば「ITの何でも屋」といったポジションで、さまざまな部署の職員と関わります。
SEとしての基礎知識や医療・医療事務への理解、幅広い人とスムーズにやり取りするためのコミュニケーション能力が求められる仕事です。
（2）医療システム開発SE
電子カルテをはじめとする医療業務用システムやパッケージソフトなど、医療現場に欠かせないプロダクトの開発に携わる仕事です。一般的な開発SEと同じく、システム開発会社の社員として、開発・保守・運用を担当します。
他業界の開発SEとは異なり、人の生命や健康に大きな影響を与えるシステムを開発するため、医療・医療現場の仕事・医師法をはじめとする法令への理解が不可欠です。
トラブルが生じると命に関わるため、一般的なシステムよりも高い安全性が求められます。さらに、病歴など非常に秘匿性の高い個人情報を取り扱うため、セキュリティにも細心の注意が必要です。
高い？安い？平均？医療系SEの年収目安について解説
過去のデータではありますが、株式会社リクルートが運営する『Ｔｅｃｈ総研』が2013年に30代のエンジニアを対象にして行った調査によると、医療系SEの平均年収は以下のような結果でした。
・社内SE（院内SE含む）：510万円
・医療機器メーカー：520万円
・パッケージソフト：512万円
同調査では30代前半のソフト系エンジニアの平均年収は525万円のため、医療系SEは平均的な年収といえるでしょう。
厚生労働省による『令和3年分 民間給与実態統計調査』によると、年間の平均給与は443万円なので、医療系SEは一般の職業よりも高年収です。
ただし、勤務先のエリアや年齢、職歴、スキルなどさまざまな条件で年収は左右されます。リアルな年収を知りたい場合は、転職サイトで医療系SEの求人情報をチェックしてみましょう。
平均だけで判断せず、働く地域（都道府県）・病院規模・年齢階級で相場の幅を把握しておくことが大切です。厚生労働省「賃金構造基本統計調査」では、都道府県別や企業規模別、年齢階級別の賃金データが公開されています。以下の手順で、ご自身の条件に近いレンジを見積もれます。
①地域差の確認：該当都道府県の「きまって支給する現金給与額」と「年間賞与その他特別給与額」を確認します。
②病院規模の想定：一般に、病床数が大きい医療機関ほどIT体制が厚く、所定内賃金・賞与が相対的に高くなる傾向があります（企業規模別データの参照が目安になります）。
③年齢階級の当て込み：同調査の年齢階級別データを使い、年齢に応じた相場感に調整します。
年収の簡易換算式
年収（概算）＝「月例賃金（所定内＋各種手当）」×12＋「年間賞与その他特別給与額」
※参考（公的データ）
厚生労働省｜賃金構造基本統計調査（結果の概況・各種表）
e-Stat｜賃金構造基本統計調査（都道府県別・企業規模別・年齢階級別の各表）
・社内SE（院内SE含む）：510万円
・医療機器メーカー：520万円
・パッケージソフト：512万円
同調査では30代前半のソフト系エンジニアの平均年収は525万円のため、医療系SEは平均的な年収といえるでしょう。
厚生労働省による『令和3年分 民間給与実態統計調査』によると、年間の平均給与は443万円なので、医療系SEは一般の職業よりも高年収です。
ただし、勤務先のエリアや年齢、職歴、スキルなどさまざまな条件で年収は左右されます。リアルな年収を知りたい場合は、転職サイトで医療系SEの求人情報をチェックしてみましょう。
【公的データで確認】院内SEの年収相場は「地域×病院規模×年齢」
平均だけで判断せず、働く地域（都道府県）・病院規模・年齢階級で相場の幅を把握しておくことが大切です。厚生労働省「賃金構造基本統計調査」では、都道府県別や企業規模別、年齢階級別の賃金データが公開されています。以下の手順で、ご自身の条件に近いレンジを見積もれます。
①地域差の確認：該当都道府県の「きまって支給する現金給与額」と「年間賞与その他特別給与額」を確認します。
②病院規模の想定：一般に、病床数が大きい医療機関ほどIT体制が厚く、所定内賃金・賞与が相対的に高くなる傾向があります（企業規模別データの参照が目安になります）。
③年齢階級の当て込み：同調査の年齢階級別データを使い、年齢に応じた相場感に調整します。
年収の簡易換算式
年収（概算）＝「月例賃金（所定内＋各種手当）」×12＋「年間賞与その他特別給与額」
※参考（公的データ）
厚生労働省｜賃金構造基本統計調査（結果の概況・各種表）
e-Stat｜賃金構造基本統計調査（都道府県別・企業規模別・年齢階級別の各表）
【制度で伸ばす】残業・深夜・休日で年収はどれだけ増える？割増賃金の基本
院内SEは、夜間の計画停止対応や障害復旧などで時間外・深夜・休日の勤務が発生しやすい職種です。割増賃金のルールを押さえておくと、年収の伸びしろを具体的に把握できます。
時間外労働：通常賃金の**＋25％以上**
（月60時間を超える分は**＋50％以上**）
深夜労働（22:00–5:00）：＋25％以上
休日労働（法定休日）：＋35％以上
・重複時の考え方（例）：
時間外×深夜＝合計50％以上（25％＋25％）
休日×深夜＝合計60％以上（35％＋25％）
休日労働は「時間外」との重複はしません（法定休日には法定労働時間がないため）。
・増額イメージ（式）
時給換算＝（月例賃金÷所定労働時間）
増分（例）＝時給×〔時間外h×1.25＋深夜に当たる時間外h×0.25（重複分）＋休日h×1.35 など〕
※実際の計算は就業規則・賃金規程の定めに従います。転職時は割増の計算方法（重複の扱い・端数処理）や当直・待機手当の有無を確認しておくと安心です。
※参考（公的データ・解説）
厚生労働省｜月60時間超の時間外労働は50％に（リーフレット）
厚生労働省｜労働時間・割増賃金に関するFAQ（重複時の考え方など）
時間外労働：通常賃金の**＋25％以上**
（月60時間を超える分は**＋50％以上**）
深夜労働（22:00–5:00）：＋25％以上
休日労働（法定休日）：＋35％以上
・重複時の考え方（例）：
時間外×深夜＝合計50％以上（25％＋25％）
休日×深夜＝合計60％以上（35％＋25％）
休日労働は「時間外」との重複はしません（法定休日には法定労働時間がないため）。
・増額イメージ（式）
時給換算＝（月例賃金÷所定労働時間）
増分（例）＝時給×〔時間外h×1.25＋深夜に当たる時間外h×0.25（重複分）＋休日h×1.35 など〕
※実際の計算は就業規則・賃金規程の定めに従います。転職時は割増の計算方法（重複の扱い・端数処理）や当直・待機手当の有無を確認しておくと安心です。
※参考（公的データ・解説）
厚生労働省｜月60時間超の時間外労働は50％に（リーフレット）
厚生労働省｜労働時間・割増賃金に関するFAQ（重複時の考え方など）
もっと高年収を目指す方法って？給料アップの方法4選
医療系SEの年収は、他のSEと同レベルですが、もっと収入を上げるのにはどうしたらよいのでしょうか。主な給料アップの方法について解説します。
ぜひ参考にして、希望の年収を実現しましょう。
残業や休日出勤をすれば、その分残業代が出て割り増し手当がつくため、収入をあげられます。
職場で残業が求められている場合は、すぐに収入を上げられる方法です。また、積極的に残業や休日出勤をすることで、意欲を評価されステップアップにもつながることもあります。
ただし、業務量が少ない職場ではそもそも残業や休日出勤ができないかもしれません。医療システム開発SEは、納期前などに残業や休日出勤が発生するケースが多いので、残業代を稼ぎやすいでしょう。
一方、院内SEは残業が普段あまりないため、残業代で収入アップするのは難しい場合があります。
スキルアップすることで、勤務先での評価が高まり、昇給・昇進に有利になったり、より高年収な職場への転職の道が開けたりします。
医療システム開発SEであれば、ニーズの高い言語の習得などプログラミング技術を磨き、院内SEであれば、職場で行われている医療や医療実務への理解を深め対応の仕方を工夫するといった方法が効果的です。
また、システムと医療どちらの知識も持っている客観的な証明になる民間資格「医療情報技師」を取得するのもおすすめです。
求人に応募要件として定められている場合が多く、必須でなくても選考で有利に働くでしょう。取得しておくと医療現場で一目置かれるため、病院内で働く院内SE、医療機関をクライアントとする医療システム開発SEどちらの職種も高評価につながります。さらに、勤務先によっては資格手当が支給される場合もあります。
勤務先で成果を出し、昇進すれば基本給アップや役職手当などでより高い給料がもらえるようになります。
特に医療システム開発SEの場合、チームリーダーやプロジェクトリーダーといったマネジメント職に就けば、年収アップが見込めるでしょう。
また、コツコツと同じ勤務先でキャリアを積み着実に昇進を繰り返すことで、勤続年数が長くなるにしたがって、高収入を実現できるケースもあります。
特に院内SEは、勤務先である病院の給与体系が年功序列であるケースが多いので、じっくり腰を据えて働いて高収入を目指すとよいでしょう。
年収レンジが高い、残業や休日出勤が多い、能力・成果主義で昇進・昇給が早いといった職場への転職も、高年収を実現する効果的な方法です。
特に今の職場の先輩で、高年収な人がいない場合は、そのまま働き続けても、給料アップは望めないかもしれません。
転職活動をする際には、医療業界専門の転職エージェントや転職サイトがおすすめです。医療業界とのパイプが太く、一般的なエージェントやサイトよりも求人数が豊富なので、高年収の案件が見つかりやすいからです。
特に院内SEは求人自体が少ない職種のため、一般的な転職エージェントや転職サイトで探すのは難しい可能性があります。
また、転職エージェントによる応募書類の添削や面接対策を受けることで、選考通過の可能性がアップするのも大きなメリットです。
ぜひ参考にして、希望の年収を実現しましょう。
（1）残業や休日出勤をする
残業や休日出勤をすれば、その分残業代が出て割り増し手当がつくため、収入をあげられます。
職場で残業が求められている場合は、すぐに収入を上げられる方法です。また、積極的に残業や休日出勤をすることで、意欲を評価されステップアップにもつながることもあります。
ただし、業務量が少ない職場ではそもそも残業や休日出勤ができないかもしれません。医療システム開発SEは、納期前などに残業や休日出勤が発生するケースが多いので、残業代を稼ぎやすいでしょう。
一方、院内SEは残業が普段あまりないため、残業代で収入アップするのは難しい場合があります。
（2）スキルアップする
スキルアップすることで、勤務先での評価が高まり、昇給・昇進に有利になったり、より高年収な職場への転職の道が開けたりします。
医療システム開発SEであれば、ニーズの高い言語の習得などプログラミング技術を磨き、院内SEであれば、職場で行われている医療や医療実務への理解を深め対応の仕方を工夫するといった方法が効果的です。
また、システムと医療どちらの知識も持っている客観的な証明になる民間資格「医療情報技師」を取得するのもおすすめです。
求人に応募要件として定められている場合が多く、必須でなくても選考で有利に働くでしょう。取得しておくと医療現場で一目置かれるため、病院内で働く院内SE、医療機関をクライアントとする医療システム開発SEどちらの職種も高評価につながります。さらに、勤務先によっては資格手当が支給される場合もあります。
（3）勤務先で昇進する
勤務先で成果を出し、昇進すれば基本給アップや役職手当などでより高い給料がもらえるようになります。
特に医療システム開発SEの場合、チームリーダーやプロジェクトリーダーといったマネジメント職に就けば、年収アップが見込めるでしょう。
また、コツコツと同じ勤務先でキャリアを積み着実に昇進を繰り返すことで、勤続年数が長くなるにしたがって、高収入を実現できるケースもあります。
特に院内SEは、勤務先である病院の給与体系が年功序列であるケースが多いので、じっくり腰を据えて働いて高収入を目指すとよいでしょう。
（4）転職する
年収レンジが高い、残業や休日出勤が多い、能力・成果主義で昇進・昇給が早いといった職場への転職も、高年収を実現する効果的な方法です。
特に今の職場の先輩で、高年収な人がいない場合は、そのまま働き続けても、給料アップは望めないかもしれません。
転職活動をする際には、医療業界専門の転職エージェントや転職サイトがおすすめです。医療業界とのパイプが太く、一般的なエージェントやサイトよりも求人数が豊富なので、高年収の案件が見つかりやすいからです。
特に院内SEは求人自体が少ない職種のため、一般的な転職エージェントや転職サイトで探すのは難しい可能性があります。
また、転職エージェントによる応募書類の添削や面接対策を受けることで、選考通過の可能性がアップするのも大きなメリットです。
まとめ
医療系SEには、病院のヘルプデスク業務などを担当する院内ESとシステム開発会社で開発・保守・運用に携わる医療システム開発SEの2種類があります。
『Ｔｅｃｈ総研』が30代前半のエンジニアに対し行った調査によると、医療系SEの平均年収は、院内SEは510万円、医療機器メーカー勤務であれば520万円、パッケージソフトであれば512万円です。
30代のエンジニアとしては平均的な年収です。厚生労働省の調査による年間の平均給与は443万円なので、給与が高い職種といえます。
医療系SEが年収をアップする方法としては、残業や休日出勤をする・スキルアップする・勤務先で昇進する・転職するの4つがあります。
転職活動には、医療業界に特化した転職エージェントや転職サイトを利用するとよいでしょう。一般的なエージェントやサイトにはない、優良求人が見つかる可能性があります。
『Ｔｅｃｈ総研』が30代前半のエンジニアに対し行った調査によると、医療系SEの平均年収は、院内SEは510万円、医療機器メーカー勤務であれば520万円、パッケージソフトであれば512万円です。
30代のエンジニアとしては平均的な年収です。厚生労働省の調査による年間の平均給与は443万円なので、給与が高い職種といえます。
医療系SEが年収をアップする方法としては、残業や休日出勤をする・スキルアップする・勤務先で昇進する・転職するの4つがあります。
転職活動には、医療業界に特化した転職エージェントや転職サイトを利用するとよいでしょう。一般的なエージェントやサイトにはない、優良求人が見つかる可能性があります。
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